Tienes que recordar algo sumamente importante: los Reyes Católicos no crearon un país sino una especie de confederación de reinos con sus propios fueros (leyes) bajo el poder de los reyes.
Territorios de los Reyes Católicos y sus reinos
En este sentido tomaron la forma de gobierno de Aragón, un reino compuesto de varios territorios (Aragón, Baleares, Valencia, Cataluña, Sicilia...).
Esta idea es sumamente importante, pues se continuará durante los siglos XVI y XVII (los Austrias) y sólo con la entrada de los Borbones se producirá una unificación del territorio (aunque no completa)
El sistema tenía la ventaja de poder incluir zonas muy diversas en un conjunto pero era verdaderamente compleja de gobernar, sobre todo si a esto le añadimos la nobleza indisciplinada (especialmente en Castilla).
Para organizar su gobierno se recurrió a un sistema polisinodial o, dicho más fácil, con una serie de consejos o reuniones dedicadas a un determinado tema y con funciones consultivas (aconsejaban al rey en la toma de decisiones).
Esquema de consejos en el XVI, heredero del que crearon los Reyes Católicos
Unos consejos eran territoriales : Aragón, Navarra, posteriormente de las Indias..., que trataban los temas de estos territorios
Otros eran temáticos: Santo Oficio (Inquisición), Órdenes Militares, Hacienda...
En cada consejo se reunían los consejeros (normalmente media y baja nobleza y clero, muchos de ellos pasados por las universidades), una burocracia cada vez mayor que buscaba quitar poder a la gran nobleza y crear una estructuras estables de gobierno (aunque también un mayor campo a la corrupción y la lentitud de las decisiones)