Como ya había ocurrido en Alcalá, la orden buscaba posicionarse en centros universitarios en donde formar las vocaciones (curiosamente, en ambas localidades, el erasmismo en la primera y el iluminismo en Baeza, eran habituales, lo cual no deja de llamar la atención, sobre todo si consideramos las constantes acusaciones de herejía hacia Santa Teresa o San Juan de la Cruz, practicantes de una religión mucho más pobre e interior, en donde la oración mental tenía un protagonismo notable)
Universidad de Baeza
San Juan fue nombrado prior del colegio mayor-convento de la localidad, aunque nunca llegó a dar clases en la misma, pero se convirtió en un verdadero guía espiritual para muchos religiosos (y religiosas, como Ana de Jesús) en el camino de la exploración mística.
Durante su estancia en Baeza se produjo el invierno del Catarro Universal, en donde el santo deja sus alturas místicas para ayudar decididamente a cuanto lo necesiten.
La estancia en Baeza, terminará cuando San Juan deba viajar a Alcalá de Henares en dónde se va a celebrar el breve Papal en el que divide las provincias de descalzos y calzados ; al fin una victoria en esa larga guerra civil































